病因治疗。部分患者去除病因后可恢复月经。如神经、精神应激起因的患者，应进行有效的心理疏导；低体质量或因过度节食、消瘦所致闭经者应调整饮食、加强营养；运动性闭经者应适当减少运动量及训练强度；对于下丘脑（颅咽管肿瘤）、垂体肿瘤（不包括分泌PRL的肿瘤）及卵巢肿瘤引起的闭经，应手术去除肿瘤；含Y染色体的高Gn性闭经，其性腺具恶性潜能，应尽快行性腺切除术；因生殖道畸形经血引流障碍而引起的闭经，应手术矫正使经血流出畅通。
雌激素和（或）孕激素治疗。对青春期性幼稚及成人低雌激素血症所致的闭经，应采用雌激素治疗。用药原则如下：（1）促进骨骼生长 对青春期性幼稚患者，在身高尚未达到预期高度时,治疗起始应从小剂量开始，如17β-雌二醇或戊酸雌二醇，或结合雌激素；在身高达到预期高度后，可增加剂量。（2）促进性征进一步发育 成人低雌激素血症闭经者则先采用17β-雌二醇或戊酸雌二醇，或结合雌激素，以促进和维持全身健康和性征发育，待子宫发育后，需根据子宫内膜增殖程度定期加用孕激素或采用雌、孕激素序贯周期疗法。青春期女性的周期疗法建议选用天然或接近天然的孕激素，如地屈孕酮和微粒化黄体酮，有利于生殖轴功能的恢复；有雄激素过多体征的患者，可采用含抗雄激素作用的孕激素配方制剂；对有一定水平的内源性雌激素的闭经患者，则应定期采用孕激素治疗，使子宫内膜定期脱落。
针对疾病病理、生理紊乱的内分泌治疗。根据闭经的病因及其病理、生理机制，采用有针对性的内分泌药物治疗，以纠正体内紊乱的激素水平，从而达到治疗目的。如对CAH患者应采用糖皮质激素长期治疗；对有明显高雄激素血症体征的PCOS患者，可采用雌、孕激素联合的口服避孕药治疗；对合并胰岛素抵抗的PCOS患者，可选用胰岛素增敏剂治疗。上述治疗可使患者恢复月经，部分患者可恢复排卵。
诱发排卵。对于低Gn性闭经者，在采用雌激素治疗促进生殖器官发育，子宫内膜已获得对雌、孕激素的反应后，可采用尿促性素（hMG）联合人绒毛膜促性腺激素（hCG）治疗，促进卵泡发育及诱发排卵，由于可能导致卵巢过度刺激综合征（OHSS），故使用Gn诱发排卵时必须由有经验的医师在有B超和激素水平监测的条件下用药；对于FSH和PRL水平正常的闭经患者，由于患者体内有一定水平的内源性雌激素，可首选枸橼酸氯米芬作为促排卵药物；对于FSH水平升高的闭经患者，由于其卵巢功能衰竭，不建议采用促排卵药物治疗。
辅助生育治疗。对于有生育要求，诱发排卵后未成功妊娠，或合并输卵管问题的闭经患者，或男方因素不孕者可采用辅助生殖技术治疗。
