1、杀菌保存：（1）先包装后杀菌，可将装入袋中或瓶中的醪糟置于80℃的热水中30分钟杀菌。此法对醪糟的口味影响较大，并且杀菌的效果也不太理想，但是方法简单，容易操作。（2）也可在醪糟未包装前用瞬时灭菌器灭菌，在灭菌后立即进行包装。此法在灭菌和包装过程中可能造成二次污染，故对环境的要求较高，效果也不是特别好。（3）还可用紫外线灯管在包装的同时灭菌。此法在杀菌的时候，对原料的厚度要求较高，若厚度大，则杀菌效果不彻底，造成保质期短，但是此法简单可行，且代价低，只要厚度保持5毫米之内，此法还是很实用的。
2、包装保存：（1）充气包装保存，醪糟属于黏稠状的液体，可以采用充气包装，只要冲入的气体能阻止甜酒曲的继续发酵即可。此法代价稍高，但商品的保质期可以大大延长。（2）真空包装保存，近年来，市面上出现了一种真空包装醪糟的销售，这种醪糟在杀菌时由于没有受到高温的作用，所以在口味和色泽上都很好的保留了新鲜醪糟的特点，效果较好。
3、冷冻保存：放入冰箱保存。千万不能冷冻，如果冷冻酒曲就会失去作用。
