首先，可供选用的药物根据其作用部位可分为对结核菌在细胞(吞噬细胞)内和细胞外作用相仿的药物：异烟肼(INH)、利福平(RFP)、乙胺丁醇(EMB)等，细胞外作用大于细胞内者有链霉素(SM)和卡拉霉素，细胞内作用强于细胞外者有吡嗪酰胺(PZA)。
其次，腹部肿块：主要见于增生型肠结核，系极度增生的结核性肉芽肿使肠壁呈瘤样肿块。在少数溃疡型肠结核合并有局限性结核性腹膜炎者，因其病变肠曲和周围组织粘连，或包括 有肠系膜淋巴结结核，也可现腹部肿快。腹部肿块常位于右下腹，一般比较固定，中等质地，伴有轻重不等的压痛。
最后，肠结核这种疾病最常用的方法是手术，利用手术的方式切除肠道内病变的部位，从而起到治疗肠结核的目的。
