如果法院认为证据不足，不能认定被告人有罪的，会作出证据不足、指控的犯罪不能成立的无罪判决。
在法庭审判过程中，检察人员发现提起公诉的案件需要补充侦查，提出建议的，法院可以延期审理，人民检察院应当在一个月以内补充侦查，人民法院对于人民检察院起诉的案件认为主要事实不清、证据不足，或者有违法情况时，可以退回人民检察院补充侦查，或者通知人民检察院纠正。如果检察机关的证据仍不能认定被告人有罪的，法院不会判处刑罚，而是做出无罪判决。
法律依据
《中华人民共和国刑事诉讼法》第一百九十五条第三项
证据不足，不能认定被告人有罪的，应当作出证据不足、指控的犯罪不能成立的无罪判决。
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