零余额账户是指财政部门为本部门和预算单位在商业银行开设的账户，用于财政直接支付和财政授权支付及清算。财政部门零余额账户用于财政直接支付。该账户每日发生的支付，于当日营业终了前与国库单一账户清算。
零余额账户设置方法：省级一级预算单位及无主管部门的行政事业单位，须填写《银行账户审批表》报省财政厅；《银行账户审批表》经省财政厅审批后报人民银行，人民银行按规定核发《开户许可证》，预算单位持《开户许可证》，在省财政厅确定的代理银行所属分支机构内，自主选择预算单位零余额账户的开户银行，办理零余额账户开户和印鉴预留手续。
零余额账户的性质决定了其在国库单一账户体系和财政支付管理中具有重要作用，是实现财政集中支付的桥梁。零余额账户是连接国库单一账户与商品或劳务供应商账户的纽带，代理国库单一账户对商品或劳务供应商的支付。
零余额账户的零余额特性，使得所有预算资金得以集中控制在国库单一账户，从而克服传统的因分散、重复设置账户而导致的预算资金大量滞留于预算单位以及由此引发的一系列弊端。
