如果面粉发酵太久，面团会产生酸味，也会变得很粘不易操作。同样，如果发酵不足，面粉体积会偏小，质地也会很粗糙，风味不足，所以发酵需要控制得恰到好处。
面粉发酵常见有小苏打（食用碱，即面碱，化学名称碳酸氢钠）和酵母发酵等，原理上相似，就是通过在面团中产生大量二氧化碳气体，二氧化碳气体被面筋所包裹，形成均匀细小的气孔，使面团膨胀起来。
采用小苏打发酵，会严重破坏面粉中的Ｂ族维生素，而酵母发酵不会，并且提高了营养价值。酵母分为鲜酵母、干酵母两种，是一种可食用的、营养丰富的单细胞微生物。酵母发酵过程中分解面粉中的淀粉和糖分，产生二氧化碳气体和乙醇。发酵的时间和面团的糖油含量、发酵温度有关系。
一般来说，普通的面团，在２８度的时候，需要１－２个小时左右（部分还需要醒发，二次发酵）。如果温度过高或过低，则要相应缩短或延长发酵时间。普通面包的面团，一般能发酵到２－２.５倍大，用手指沾面粉，在面团上戳一个洞，洞口不会回缩。（如果洞口周围的面团塌陷，则表示发酵过度）。
发酵过度可以弥补，面粉变酸，可以适当加一点小苏打中和酸味，但如果严重发酵过度面团的面筋弹性都会受影响，还必须加一些面粉重新和成面团。但如果因为面粉发酵时间过长，而导致有大肠杆菌、黄曲霉菌和其它毒素得滋生，这样就不能食用了。
