1、湿度检查。冬天，水分在11%以下，每隔一个星期左右要检查一次，湿度检查要在仓内不同方位、不同层次定时定点的进行。
2、通风。要根据仓库室内外的温度来定，如果室外温度低于仓内时，这时候是通风最佳时机，这时候通风可以降温又可以排湿，当仓外温度和仓内温度相同，或仓外温度低于仓内时，也可以通风，前者以散湿为主，后者以降温为主。
3、定期检测棉花种子质量。要定期检测棉花种子，检测包括棉花种子发芽率试验、水分测定、游离脂肪酸测定，如发现问题应及时解决。
4、防火。棉花种子要防火，因为棉花种子遇到火种很容易引起燃烧，所以在种子仓库周围不要堆放易燃品。
