化工、纺织印染、黑色冶金是重点污染行业，在网箱养殖过程中，投入到太湖中的肥料、药、畜禽粪便、水产饵料中只有一小部分被鱼类利用，其余养殖业、秸秆、村庄生活污水沉入湖底，污染水质；太湖流域地区随着工业化、城市化进程的加快，区域内人口剧增，产生的生活污水量较之以前迅速增大。且排污管道铺设不健全，处理没施跟不上城市化进程的步伐，致使污水未经处理或只经过简单的处理，就排入到太湖中；太湖水域捕鱼的船只众多，现在的捕鱼船多是用柴油作为动力，燃烧不充分，产生的气态颗粒污染物随风飘落到太湖中，污染水体。且船只老化，废油滴漏
