海船船员适任证书类别不同：甲类水手拥有甲类海船船员适任证书，乙类水手拥有乙类海船船员适任证书。
航海的区域范围不同：甲类水手属于无限航海区，乙类水手属于近洋航海区，
权重及工资薪酬不同：需要根据当时不同的岗位进行的定薪制。
职务以及职责不同：甲类属于主推进动力装置3000千瓦及以上船舶的轮机长、大管轮、二管轮和三管轮。乙类属于主推进动力装置500至3000总吨船舶的船长、大副、二副和三副，主推进动力装置750至3000千瓦船舶的轮机长、大管轮、二管轮和三管轮，500总吨及以上船舶的值班水手，主推进动力装置750千瓦及以上船舶的值班机工。
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