对主基因进行检测中作为候选者的并具有已知生物学功能的基因这类基因在通常状态下为隐性，在主体某一状态下显性，所以确定基因为候选基因必须保证以下几点性质：
1、通常隐性；
2、基因有起作用的价值；
3、只在特殊状态起作用。
候选基因，也译成后选基因，定位于染色体部位，这一类基因在疾病中表达情况尚不明确，其蛋白产物也正在探讨中。它们参与生物体的表型表达，连锁分析提示其与基因组某一部位有关联。这些基因可能是结构基因,调节基因或是在生化代谢途径中影响性状表达的基因。
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