早期，商业化加工果糖主要以菊粉为原料。
1847年法国‘’Dubrunfant‘’的开拓性果糖加工的工作，以蔗糖为原料。20世纪60年代期间，欧洲开始工业化生产结晶果糖。所用的方法是通过蔗糖的转化生成果糖和葡萄糖，之后通过离子排斥工艺来分离和纯化，最后严格控制果糖的结晶，加工纯结晶果糖。
1981年，密西西比河岸边的美国伊利诺斯州的汤姆逊城出现了世界上最大的纯结晶。它是以液体葡萄糖浆为原料，经纯化和酶异构化后，利用传统的蔗糖提取果糖生产技术制造出质量特别高的结晶果糖，整个生产周期缩短至5天。
目前，以果葡糖浆生产工艺为基础，利用酶技术生产出结晶果糖。
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