微生物利用的氮源分为有机氮和无机氮两大类。有机氮一般有各种饼粉，蛋白胨等，无机氮有氮气、铵盐、尿素等。微生物利用的碳源主要是各种淀粉，二氧化碳和糖类。微生物利用碳源要区别：其本身是自养微生物还是异养微生物。自养微生物一般直接用二氧化碳作为碳源，异养微生物多用葡萄糖或其他碳水化合物作为碳源。而微生物利用氮源要区别：其本身是否为硝化细菌，有无固氮能力。如有固氮能力则以氮气作为氮源，无固氮能力则以外源氨基酸提供氮源。
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