合并纳税指大型企业集团的母子公司实施盈亏相抵之后的收益缴纳所得税。
汇总纳税指居民企业在中国境内跨地区设立不具有法人资格的营业机构、场所，该居民企业为汇总纳税企业。
两者的区别：
合并纳税的各方是一个大型集团下属的各自独立的企业法人；汇总纳税的各方是一个企业法人下属的不具有法人资格的分支机构。
两者的联系：
合并纳税是老企业所得税条例的规定，而汇总纳税是新企业所得税法的规定，合并纳税的顺利实施为法人企业汇总纳税的实行积累了宝贵的
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