1、在李自成的农民军包围北京城之后，由于士兵紧缺，锦衣卫也被用于守城，在双方厮杀的过程中，一部分锦衣卫战死。但是在北京城破以后，那些锦衣卫的官员们选择了投降，普通的锦衣卫自然是树倒猢狲散。
2、在李自成占领北京城期间，向明朝遗臣们进行了所谓的追脏行动。在这场追赃行动中，身为特务组织的锦衣卫当然无法幸免，锦衣卫的一大半官员死于这场追赃行动，剩余的官员也勉强苟活。
3、清军进入北京后，锦衣卫的官员们又投降了清朝。清朝入关之初，为维护自己的统治，基本上延续了明朝的各个机构，也包括锦衣卫。一些已经逃跑的锦衣卫成员陆续返回，似乎一切都过去了。
4、但是仅仅一年多，在清廷站稳脚跟后，那些锦衣卫的官员基本上就被杀了，锦衣卫也正改名为銮仪卫，从权力巨大的明廷监察机构变成了清朝的仪仗队，一直延续到清朝灭亡。从此锦衣卫之名彻底消失了，锦衣卫正也式成为了历史。作为皇帝的仪仗队，銮仪卫也曾出过历史名人：大清朝最大的贪官和珅和中堂。
5、当然，南明锦衣卫里也有著名的人物。例如锦衣卫张名振与延平郡王郑成功，并称为清朝的海疆大患。而且锦衣卫最后一位都指挥史马吉翔，后晋升首辅，成为大明三百年由锦衣卫入阁的第一人，最后在咒水之难中被击杀。
