首先，可以选择的就是药物治疗的方式，一般来说药物治疗的方式时间会比较长，因为要口服的药物的功效要由内脏吸收到达皮肤的，所以还是会有很多人不能坚持下来的。而且药力损耗会比较大。不能直接杀死病毒。所以效果不是特别的理想。
其次，西医治疗扁平疣主要注射转移因子等激素来提高人体免役功能。由于这一种间接性治疗不是直接能杀灭扁平疣病毒，所以治愈率也很低，特别是对一些年龄偏高的人。
最后，由于扁平疣病毒是在表皮下面，激光只能铲除表面扁平疣颗粒，而皮下病毒没有铲除，所以不可能起到根本的治疗作用，即使当时铲除了，往往过了几个月扁平疣还会重新发出来。
