免疫法灵敏度、特异性较化学法高，但有假阴性，化学法受饮食饮食影响大，故建议两种方法联合应用。
免疫法特异性高，但存在假阴性，化学法受干扰因素多，但可对免疫法部分假阴性结果予以纠正，同时免疫法也可对化学法假阳性结果进行验证。一般认为，上消化道出血时化学法比免疫法阳性检出率高；下消化道出血时免疫法比化学法灵敏度高，而且单独化学法或免疫法都可能因其方法学的某些缺陷而产生一定的假阳（阴）性。国外做大量肠癌普查时，都同时应用化学法和免疫法两种方法进行筛查，可进一步提高胃肠道出血的检出率。
因此，在临床工作中，免疫法检测阴性的标本建议用邻联甲苯胺法复查，复查阳性的标本适当稀释后再用免疫法检测，也可以先用化学法作为初检，检测为阳性的结果再加做免疫法予以复检确认，以提高检测的准确性。
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