想要自制的辣椒酱有较长的保质期，可以在制作的时候加入一些蒜末，能起到杀菌消毒的作用。可以在制作好的辣椒酱在上面封一层油，这样不仅能够增香气，而且还能够阻绝空气与辣椒酱接触，防止其发生变质，达到长期保存的目的。
霉菌：辣椒酱生产中起重要作用的就是霉菌，这其中包括米曲霉、黑曲霉、酱油曲霉和高大毛霉等。霉菌产生的蛋白酶活力高，还具有生长快、易管理和原料全氮利用率稳定等特点。
酵母菌：辣椒酱在发酵过程中，酵母活动的主要时期在辣椒酱发酵的第二个阶段。在霉菌分泌的蛋白酶、淀粉酶的作用及厌氧和高盐环境下，促进了酵母菌生长。
细菌及乳酸菌：在辣椒酱生产中，可利用细菌代谢产物改善酱风味。如乳酸菌在发酵过程中，能把葡萄糖分解成乳酸等有机酸，能在高盐环境中生长，与酵母产生的醇类酯化成酯类物质。
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