最早的显微镜是16世纪末期在荷兰制造出来的。发明者是眼镜商亚斯·詹森和另一位荷兰科学家汉斯·利珀希，他们用两片透镜制作了简易的显微镜，但并没有用这个仪器做过任何重要的观察。
后来有两个人开始在科学上使用显微镜。第一个是意大利科学家伽利略，他通过显微镜观察到一种昆虫后，第一次对它的复眼进行了描述。
第二个是荷兰亚麻织品商人列文虎克，他自己学会了磨制更高清的透镜，并且通过使用显微镜描述了许多肉眼所看不见的微小植物和动物。
1931年，恩斯特·鲁斯卡通过研制电子显微镜，使生物学发生了一场革命，电子显微镜能观察到像百万分之一毫米那样小的物体，1986年他被授予诺贝尔奖。
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