大金刚菩提子、小金刚菩提子的最本质区别不在于1.5厘米，1.2厘米，1.0厘米这些外径的差别（当然这些外径的差别是判断大小金刚的重要标准），最重要的区别是植物树种有所不同。
依照瑞典生物学家开辟的生物学种类的区划，生物可依照界、门、纲、目、科、属、种分类，从生物学角度看大金刚和小金刚同宗而不同种，我们或者可以这样理解二者不同，尼泊尔大金刚籽是猩猩，印尼籽是猴子，二者虽然同宗，但是本质上不是一个种类。
从外形来看、尼泊尔籽一般较大（也有小的），印尼籽一般较小（也有大的），所以在收藏界习惯于用大、小金刚来区分这两个种属。事实上，在除了中国以外的收藏界，都是用产地来标明籽的身份，如尼泊尔籽、印尼籽等，而不是用中国广义的“大金刚”“小金刚”，大小都是相对的。
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