两者没有实质性区别，广州北站包含花都站，花都站是广州北站的城际站场，是广州北站的扩建部分。2019年11月23日，花都站的钢结构主体结构完成封顶。2020年11月30日，花都站投入运营，并成为广清城际铁路与广州东环城际铁路的客运枢纽站。
花都站位于广州市花都区新华街道站西路、毗邻广州北站西侧。
广州北站的城际站场命名为“花都站”是由于地方铁路公司在共用国家铁路部分资源的情况下参与独立运营部分站场，导致付费管理模式暂不兼容，因此改名“花都站”以区别干线铁路上的广州北站。
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