牛奶结块的原因有：酶作用、低温和变质。没有经过加热或酶钝化手段处理的纯牛奶，其中的酶类会在存放时促使蛋白质变性，出现结块现象。牛奶的蛋白质在高低温、酸碱性的环境中也会出现蛋白质变性，将牛奶存放在冷冻层，也会引起牛奶结块。
牛奶富含的营养成分和水分，是菌类的生存培养基地，若牛奶在储存过程中受到撞击或高温环境刺激，钝化的酶恢复了活性，也容易出现变质现象，牛奶变质的标志有结块、变酸和变色等。
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