保存少量红毛丹可以将其放置在常温环境中，能最大程度的保留红毛丹的新鲜本味，但保质期较短，只有3天。果农长时间运输红毛丹时，会将其浸泡在冰水中，这样存放的红毛丹滋味较为寡淡，日常储存红毛丹可以将其放置在冰箱里。
若购买的红毛丹量少，且能较快吃完的话，可以将其在常温的环境中保存。将红毛丹清洗干净，挑出其中的坏果，之后放置在可控干水分的洗菜篮中保存即可，可保存3天左右，最好尽快吃完。
将红毛丹洗净装在可以密封的塑料袋中，浸泡在冰水里也是较佳的保存方法，这个方法能有效防止红毛丹变质，能经得起长时间的运输。这样保存的红毛丹口感会打折扣，一般是运输过程中的保存方法。
日常保存红毛丹最常见的方法是将其放置在冰箱中保存，这样存放的红毛丹保质期较长，一般在10天左右。但是经过冰箱低温冷藏的红毛丹外观颜色会发生改变，出现黑斑等情况，最好快速食用完毕。
