基因的自由组合定律的实质是：位于非同源染色体上的非等位基因的分离或组合是互不干扰的；在减数分裂的过程中，同源染色体上的等位基因彼此分离的同时，非同源染色体上的非等位基因自由组合。
基因的自由组合定律，或称基因的独立分配定律，是遗传学的三大定律之一（另外两个是基因的分离定律和基因的连锁和交换定律）。它由奥地利遗传学家孟德尔（G.J.Mendel，1822-1884）经豌豆杂交试验发现。同源染色体相同位置上决定相对性状的基因在形成配子时等位基因分离，非等位基因自由组合。
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