一、茎干区别
草麻黄的木质茎短有的呈匍匐状，小的枝干直伸或是微曲，表面有细纵的槽纹，关节间的长度在2.5到5.5厘米，大多为3到4厘米，直径大约2毫米，呈绿色。
木贼的茎干横走或是直立的，圆筒状，呈黑棕色，高度可达1米或者更多，直径在5到9毫米之间，关节的长度大约5到8厘米，呈绿色。
二、叶子区别
草麻黄的叶子有两裂，叶子鞘占全长的1/3或2/3，裂片的锐呈三角形，先端很尖锐。
木贼的叶子退化成鳞片状，基部合成筒状的鞘，鞘长大约6到10毫米。
三、花朵区别
草麻黄的花朵在侧枝顶生，呈卵圆状或矩圆状卵圆形，有4对苞片。花朵成熟时呈肉质红色，矩圆状卵圆形或是接近圆形性，长度大约8毫米，直径大约6毫米。
木贼不开花，会通过孢子繁殖。
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