1、原发病治疗：
大部分器质性疾病需针对原发病治疗。
2、一般治疗：
保持心情愉快，避免过度劳累及精神紧张；进餐时细嚼慢咽，勿狼吞虎咽；饮食规律、均衡，避免暴饮暴食；避免食用产气性食物或饮料，如洋葱、韭菜、生姜、生蒜、薯类、甜食、豆类、面食、牛奶、高蛋白的食品以及碳酸饮料等；餐后适当运动。
3、药物治疗：
包括消化酶、胃肠促动力药物、益生元及益生菌等药物。
4、特殊治疗：
对严重腹胀患者，根据病情可采用胃肠减压、肛管排气等措施。
5、菌群移植：
粪菌移植作为一种历史悠久且可以重建肠道菌群的治疗方法是近几年的医学突破。对于有小肠细菌过度生长症状的患者，粪菌移植有望成为一种很好的治疗选择。
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