1、保鲜膜密封法：将砂糖橘稍微冲洗下，轻轻的擦干，以免破坏砂糖橘皮上的具有保护作用的天然蜡质，然后用保鲜膜将砂糖橘包住，放进纸箱中储藏，放置阴凉处。这种做法可以减缓砂糖橘氧化，延长砂糖橘的保存时间，一定程度上避免砂糖橘发霉变烂。
2、冰箱冷藏保存：将冰箱的冷藏层温度调到4-6℃之间，再将砂糖橘放入，因为在这个温度下，砂糖橘的呼吸作用会被削弱，因此对不会过多导致营养流失，并且也不会冻伤砂糖橘，更不会产生有害物质导致食物中毒。再加上冰箱里湿度越高，越可以避免砂糖橘水分过多损失，导致口感变差。
3、容器处理方法：可以选择用柳筐、木箱、竹篓、水缸等做装砂糖橘的容器，因为这些容器比较干燥密封，不易引起砂糖橘发霉变烂，另外，装前要清洗干净、高温杀菌消毒、之后晾晒干燥，并在容器内衬垫一张牛皮纸或无毒薄膜，再装果实，这样不易磕伤砂糖橘，避免变质发烂。
4、库房消毒方法：这种方法一般适用于需要大量储藏砂糖橘的果农，一般在砂糖橘入库前1周，会将贮藏室清扫干净，并用50%托布津1000倍液喷雾或硫磺艾叶合剂熏蒸消毒，还要保证室内阴凉通气，门窗关启方便，地面平整干燥，以免导致细菌滋生，引起砂糖橘变质发烂。
