1、做闽南鱼干的首要步骤是要将鱼干进行脱水处理，所以要根据鱼类的大小分别采用背剖、腹剖和腹边剖三种形式。背剖，一般用于鱼大肉厚的。剖割时从鱼背鳍下第二鳞片进刀，刀至鱼头骨时，微斜在头骨正中切开。除去内脏及牙墩，把脊骨的血污及腹内黑衣粘膜，用刀片轻轻刮去。若鱼身较大，应在脊背骨下及另一边的肉厚处，分别开吞刀、夹刀及片刀，使盐水易于渗透。鱼小肉薄的，可采用腹剖。即在鱼腹正中进刀，两片对称剖开。腹边剖割的，可在鱼身中线下边切入，上至鱼眼外围，下到尾部肛门上为止。剖割后，去掉内脏。
2、洗涤，剖割后在血液凝固前，用刷子逐条地在清水中洗刷去血污、粘液，放进筐内，滴干水分，即可进行腌制。也可以将洗涤后的鱼体投入事先备好的卤液中，浸洗3～5小时，取出滴干卤水，再行腌制。
3、盐腌，根据鱼体大小确定用盐数量，一般每100千克鱼用盐18～24千克。冬、春季偏少，夏、秋季节偏多。腌制时，将盐均匀地擦敷在鱼体、鱼鳃、吞刀、眼球及钓孔内。然后置于腌池内，肉面向上，鱼鳞向下，鱼头稍放低，鱼尾斜向上，层层排叠。叠至池口时，可继续排叠，直至超出池口10～15厘米。经4～5小时后，鱼体收缩至与池口平齐时，再加撒一层封口盐，并用竹片盖面，石头加压。使鱼体浸入卤水，充分吸收盐分，脱出水分。夏天还可以避免苍蝇在鱼体上生蛆。
4、晒干，鱼出卤时，利用卤水将鱼体洗刷一次，除去沾染的污物，滴干卤水后，排放于晒鱼帘上。鱼鳞向上，晒1～2小时后翻成肉面向上，晒至中午时，将鱼收进室内或将竹帘两头掀起盖上鱼体，让其凉至下午3～4时，利用弱阳光再晒。经过2～3天晒至鱼肚鱼鳃挤不出水分时，就干燥了。
