1、来源不同
土豆淀粉是将清洗干净的土豆粉粹、过滤、沉淀，把得来的沉淀物烘干即可获得；玉米淀粉是将玉米用0.3%亚硫酸浸渍后，通过破碎、过筛、沉淀、干燥、磨细等工序而制成。
2、作用不同
（1）土豆淀粉可以用来制作酱料，其透明度高，制作出来的酱料色泽通透，还可以用于烹饪时的勾芡，由于糊化的温度比较低，能够降低高温引起的营养与风味的缺失，用于勾芡能最大限度的保证食材的原汁原味。
（2）玉米淀粉适合肉类的上浆，上浆后食材效果柔、滑、嫩，可使食材除去异味而且还有增香的作用，适用于质地细嫩或是选择细嫩部位的鸡鸭鱼虾为原料制作的菜肴，也可以用于勾芡。
3、特点不同
土豆淀粉具有土豆的味道，其吸水能力较强，黏性足，颜色较洁白，透明度好；玉米淀粉形状为白色微带淡黄色的粉末，吸湿性强。
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