肛瘘和窦道虽然都是感染破溃后形成的管道，但并不是一回事，窦道是由体表通向深部组织的一种疾病，它只在体表有一个外口，不像肛瘘那样在体内还有一个内口，两者的治疗方法也不同。
窦道形成的原因有细菌通过皮肤引起深部组织感染；有外伤，如一些物品刺入身体；有淋巴结核引起的感染等。
肛瘘是肛门直肠周围脓肿的后遗病变，肛门直肠周围脓肿的根本原因是肛腺感染。肛门直肠周围脓肿破溃后为何不能自愈而形成肛瘘？
一般认为有一下原因：
1、肛门直肠周围脓肿破溃或切口多在肛门外，脓液从外口流出，但原发感染躲在肛窦。肛窦是继发感染的门户，因为肛窦开口向上，又开放在直肠腔内，细菌和肠内容物均可经肛窦进入脓腔，造成反复感染，形成瘘管。
2、瘘道多在肛门括约肌之间通过，由于括约肌经常收缩和舒张，影响脓液排出，容易储脓感染而难以愈合。
3、脓肿破溃后，脓液排出，脓腔逐渐缩小，腔壁形成结缔组织增生的剪影管道壁而不能愈合。
4、瘘管弯曲，或有分支，引流不畅，反复感染，造成瘘道不愈合。
