微血管减压术是神经外科的大手术，这种情况通常需要从三叉神经处移除或者分隔开多种血管结构，通常是扩张的大脑上动脉在使用微血管减压术的病人中，90%的病人都会获得术后的明显疼痛缓解。但到了第一年、第三年、第五年时，复发率分别为20%、25%和27%。所以复发的时间不同，在1年、3年、5年或更长的时间都有一部分病人会复发。
手术的平均死亡率是0.2%。发生主要不良事件的病人可达到4%。如出现脑脊液漏、脑梗死或者血肿，最常出现的并发症是无菌性的脑炎，可以发生于11%的患者，而多达10%的患者会发生长期的听力损害，7%的患者会发生感觉丧失。
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