肿瘤的病理分期是肿瘤术后辅助治疗的重要依据。肿瘤病理分期分为肿瘤大小、淋巴结转移程度以及有没有远处转移的情况，还包括肿瘤侵犯的深度，如以肺癌为例，肺癌术后的病理分期主要是肿瘤大小以3cm为界，3cm以内是T1的肿瘤，3-5cm是T2的肿瘤，5-7cm是T3的肿瘤，而大于7cm以上是T4的肿瘤。还有淋巴结转移状况，如肺门淋巴结转移则为N1的淋巴结，纵隔淋巴结转移N2淋巴结，锁骨上淋巴结转移是N3的淋巴结转移情况。有的肿瘤，如消化道肿瘤是以肿瘤侵犯深度决定的，黏膜层是比较早的，而侵犯肠壁的外层是比较晚的肿瘤。
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