肺血栓栓塞可以给予溶栓治疗、抗凝治疗、放置静脉过滤器及手术取栓治疗。溶栓治疗适用于大面积肺血栓塞症，常有明显的呼吸困难、胸痛、低氧血症等症状，溶栓时间一般在14天以内，若有新发症状，可以延长，常用的药物有尿激酶、链激酶、重组组织型纤溶酶原发激活剂，每天24小时测量1次凝血酶原时间。抗凝治疗时，首选药物为肝素和低分子肝素，肝素治疗48小时之后开始口服华法林。若是抗菌治疗无效，可以在下腔静脉放置静脉过滤器。手术取栓危险性比较大，仅用于危及生命的肺动脉主干及主要分支血栓和抗凝治疗禁用者。
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