植物神经性的头痛可以用一些药物来进行缓解，可用抗癫痫的药物丙戊酸钠来调整神经，平衡和改善症状，也可以用β受体阻滞剂普萘洛尔来改善头痛的症状。
可以用抗抑郁症的药物来进行治疗，三环类抗抑郁药有多虑平，或者5-羟色胺再摄取抑制剂，如舍曲林、氟西汀、帕罗西汀、西酞普兰等，都可以通过调整5-羟色胺引起的植物神经紊乱，改善头痛的症状。还有一部分患者可以通过服用钙离子阻滞剂，也可以改善植物神经性的头痛症状。
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