目前唇腭裂发生的原因及发病机制尚未完全明了，可能为多因素影响而非单因素所致，可能与以下因素有关:1.遗传因素，唇腭裂的患者往往在其直系或旁系亲属中也可发现类似的畸形。
2.营养因素，各种因素导致的孕妇维生素缺乏都会引起胎儿唇腭裂的发生。
3.感染损伤，内分泌紊乱以及药物因素都会导致胎儿畸形。
4.孕妇频繁接触x线或微波等，都有可能引起胎儿发育异常而导致唇腭裂的发生。
有研究表明，吸烟饮酒也会造成胎儿唇腭裂的发生。
