在临床上，对于肠炎的治疗要根据患者的病因进行治疗。一般来说，病毒性的肠炎不需要进行治疗，可以自然而然的愈合。而细菌性的肠炎，最好根据细菌药物结果来进行抗生素的选用。如果患者是溃疡性结肠炎，临床上主要选用氨基水杨酸类的药物，比方柳氮磺嘧啶、奥沙拉秦、美沙拉嗪。但是柳氮磺吡啶对于患者的肝肾功能是有一定损害的，使用柳氮磺吡啶一定要3个月之内进行复查肝肾功能。而奥沙拉秦、美沙拉嗪对于患者的影响就非常的小。对于溃疡性结肠炎，患者还可以应用一些糖皮质激素，临床上常用的糖皮质激素就是强的松以及强的松龙。如果患者出现中毒性巨结肠、肠穿孔、肠出血，无法用保守的治疗方法进行解决问题，可以进行手术切除。
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