首先要评估肛瘘患者的病情，如果局部病损程度比较小，这类患者可能打局部麻醉即可。局部麻醉打完，在做手术时还有不适感，这种不适感或者轻微疼痛大多数病人可以忍受。部分病人已经发展比较严重，肛瘘病变比较大，有些化脓比较明显，这类病人常用半身麻醉，即打在背上，或者打在臀部稍上方，称为骶管阻滞。两者本质一样，麻醉范围相对比较大，病人可以做较长手术，而且这种疼痛几乎不会有，对于复杂肛瘘手术都可以顺利做下来。
部分病人有其他问题，病变比较大，不太适合做椎管内麻醉，即不能做半身麻醉，对于这类病人可以考虑做全身麻醉。选用麻醉方式都是由麻醉医生、外科医生和病人反复沟通后确认，都是选择对病人较合适的方式或者造成风险最小的麻醉方式，所以类似肛瘘的小手术有时也会用到全身麻醉，患者可以好好和医生沟通，麻醉医生和外科医生都会好好解释。
