局灶性肾小球硬化患者的预后差异较大，有25%-40%的患者在10-15年可以进展至终末期肾病，且肾移植后也有20%-30%的患者会复发。一般儿童患者、对激素治疗反应好的患者和血清补体C3水平升高的患者预后较好，有持续大量蛋白尿、伴有难以控制的持续性高血压、发病的时候继以肾功能受损的患者预后不好。肾组织病理改变有弥漫系膜增生、肾小球血管极硬化、肾间质炎症细胞浸润伴纤维化，以及小动脉透明样变性的患者预后较差。
