1961年，Bernatz依据胸腺瘤细胞成分构成将之分为四型：(1)上皮细胞型：肿瘤内上皮细胞占2/3以上;(2)淋巴细胞型 ：淋巴细胞占2/3以上;(3)混合细胞型：以上两种细胞成分均为达到2/3以上;(4)梭型细胞型：大量梭型细胞占据肿瘤内部，排列成束状或螺旋状。
由于这种分型对于判断病人预后意义不大，1985年Marino根据胸腺上皮细胞的形态重新分为三型：(1)皮质型：上皮细胞核呈圆形或卵圆形，染色清楚，核仁居中，染色质呈囊泡状;(2)混合型：胸腺瘤的上皮细胞主要由髓质型上皮细胞构成，同时又有皮质型上皮细胞成分;(3)髓质型：上皮细胞呈梭型，细胞核呈长条形，核仁不易看清楚，染色质弥散。
1999年WHO在此前基础上统一了胸腺瘤的分型：(1)A型：即髓质型或梭型细胞胸腺瘤。(2)AB型：即混合型。(3)B型：被分为3个亚型;B1型：即富含淋巴细胞的胸腺瘤、淋巴细胞型胸腺瘤、皮质为主型胸腺瘤或类器官胸腺瘤;B2型：即皮质型胸腺瘤;B3型：即上皮型、非典型、类鳞状上皮胸腺瘤或分化好的胸腺瘤。(4)C型：即胸腺癌，组织学上此型较其他类型的胸腺瘤更具有恶性特征。A型和AB型为良性，B型和C型为恶性。
临床分期，1981年，Masaoka观察发现，上皮细胞型胸腺瘤发生转移、复发的可能性较大，预后较差，而梭型细胞型预后较好。并依据手术中观察到的肿瘤生长情况将之分为四期，利于判断预后：I期，包膜完整，在镜下包膜无受累，称为非浸润性胸腺瘤;II期，侵犯纵膈脂肪组织或胸膜，或在镜下见到包膜受累及，此期也属于非浸润性胸腺瘤;III期，累及心包、大血管或肺等重要组织。此期称为浸润性胸腺瘤;IV期，发生心包、胸膜种植或远处转移，也属于浸润性胸腺瘤。
非浸润性胸腺瘤行单纯手术切除即可，但是浸润性胸腺瘤术后需要补充放化疗，预防复发和远处转移。
I期II期非浸润性胸腺瘤患者5年、10年生存率分别为85％-95％和67％-80％;而III期IV期浸润性胸腺瘤5年、10年生存率分别只有44％和27％。
