早上起来肚子疼的原因，可能是以下几种：
一、受凉引起的，病人晚上睡觉未盖被子，使腹部受凉而导致早上起来肚子疼。
二、可能是胃或者十二指肠疾病，早上起来空腹肚子疼，考虑可能是十二指肠相关疾病的可能性大，比如十二指肠溃疡，或前一日饮食不洁，导致急性胃肠炎，晨起后发病而引起肚子疼。
三、肚子疼还可能是肝胆疾病，比如肝炎、胆结石等。
四、肚子疼还有可能是胰腺炎，胰腺炎多见于饮酒或者暴饮暴食后。
五、阑尾炎，阑尾炎往往是出现转移性腹痛。
六、肚子疼还不能排除有心脏疾病的可能，尤其是缺血性心脏病，多见于中老年患者，常见剑突下疼痛。
七、如果肚子疼是女性，不排除是因为月经期、怀孕期或卵巢囊肿蒂扭转等妇科情况。
总之，肚子疼的疾病有很多，需要具体情况具体分析。
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