头颅磁共振结合相应序列，如血管成像、DWI(扩散加权成像)、水成像等，可以用于检查常见的颅内的病变或结构异常，如代谢性疾病、炎症性疾病、感染性疾病、肿瘤疾病以及遗传代谢性疾病、变性疾病等，具体可检查的疾病如下：
1、肿瘤：头颅磁共振临床上多用于肿瘤检查，颅内恶性或良性肿瘤可以通过头颅磁共振平扫加头颅磁共振增强进行诊断；
2、脑血管疾病：如缺血性脑卒中、脑栓死等疾病，可以通过头颅磁共振加DWI(扩散加权成像)或加MRA(磁共振血管造影)等进行诊断；
3、遗传性疾病：如共济失调症等，通过头颅磁共振可以看到相关的萎缩；
4、变性疾病：如多系统萎缩，通过头颅磁共振可以看到脑桥、小脑的萎缩情况。如患有进行性核上性麻痹，也可观察到脑干的退行性病变；
5、感染性疾病：如病毒性脑炎、脑膜炎、寄生虫脑病等炎症感染或其它自身免疫引起的疾病，如多发性硬化症或自身免疫性脑炎等，也可以通过磁共振进行诊断。
