HLA-B27对早期强直性脊柱炎患者及临床表现不典型者的诊断意义较大。HLA-B27阳性者患强直性脊柱炎的相对危险度，是HLA-B27阴性者的100倍以上。因此检查HLA-B27对本病的诊断与鉴别诊断很有帮助。但是，大约80％的B27阳性者并不发生强直性脊柱炎，而且大约10％的强直性脊柱炎患者B27为阴性。
同时尚有其它一些如银屑病及银屑病性关节炎、溃疡性结肠炎、肠病性关节炎、赖特综合症、反应性关节炎、克隆氏病等疾病HLA-B27抗原也呈阳性反应。所以说HLA-B27阳性不一定就是强直性脊柱炎，只是强直性脊柱炎的可能性较大，而B27阴性者只要临床表现和影像学检查符合诊断标准，也不能排除AS可能。
对已确诊的强直性脊柱炎患者，检查HLA-B27有助于判定病情严重性及预后。因为HLA-B27阳性者病情往往较重，出现慢性背痛、骶髂关节炎、皮肤粘膜病变以及发热，体重下降与多汗等全身症状较多见。最近发现，出现心脏及眼受累的强直性脊柱炎患者90％以上为HLA-B27阳性，HLA-B27阴性者少有发生。因此有人把强直性脊柱炎的心脏与眼病变(主要指主动脉瓣关闭不全、严重的心脏房室传导阻滞以及眼虹膜睫状体炎等)称为HLA-B27相关性疾病。
