如果是有确切原因的癫痫，癫痫手术后复发需明确具体原因。如果是颅内肿瘤手术后开始频繁出现癫痫，可能存在肿瘤复发或存在局部瘢痕灶切除不充分。如果原发性癫痫手术后仍存在癫痫发作，可能存在手术前癫痫灶定位偏差，导致癫痫灶切除不充分，术后仍存在广泛放电。
原发性癫痫致痫灶如果定位不准确，左右侧半球定位不准确，例如是左侧病灶，切除右侧，术后癫痫灶没有得到有效控制，手术后可能继续加重。若定位左右侧准确，但癫痫灶范围广泛，这种原因常常因癫痫灶可能牵扯到功能区，切除后导致病人失语或偏瘫。手术首先要保证功能，在保证功能的前提下切除癫痫灶，但可能牵涉到术后导致的复发，这种情况在原发性癫痫较为多见。
很多手术效果不佳的病人，往往是切除不够充分或定位出现偏差导致，需长期服药治疗，常见情况是手术后早期癫痫加重，为正常现象，在手术后口服一段时间药物后即可得到明显缓解，因为手术对癫痫灶刺激可导致早期癫痫加重。
