唇腭裂的发病原因迄今尚未彻底明了，一般认为与一下几个因素有关：
1、营养缺乏 特别是维生素的缺乏目前被认为是造成唇腭裂畸形的一个重要因素。在怀孕前3个月中，如有营养不良及维生素缺乏史（包括过度呕吐），就有使胎儿发生唇裂的可能。
2、药物影响 某些药物如反应停、阿司匹林、某些抗生素及皮质激素类药物可使胎儿畸形的发生率增高。
3、情绪影响 有人认为在唇腭发育的关键时刻，孕妇生理或情绪上的紧张，易致胎儿畸形，这与母体内皮质激素分泌增加，因而抑制了纤维母细胞的发育有关。
4、病毒感染 也被认为是致病因素。在怀孕早期患风疹，常易致胎儿畸形。这在1940年澳大利亚风疹流行中已得到证实。但是否是风疹病毒本身，还是由于间接因素造成畸形，则有待进一步证实。
5、遗传因素 唇腭裂畸形的发生常与遗传有关。我们可在1个家庭中发现1个以上的畸形患者，在咨询家族史中也可以发现直系或旁系亲属中有同样畸形存在。文献的最高数字是Fogh-Anderson报告唇裂有27％的遗传率，唇腭裂同时存在者高达41％，而单纯腭裂的遗传率是19％。Barsky（1950）的统计为5％。宋儒耀（1957）的统计是4、3％。这些数据差异较大，需作进一步统计。但更重要的则是遗传学本身变异的结果。这些遗传性可因生活条件及新陈代谢的变异发生变化，而决不会一成不变地遗传到后代去。
此外，放射能亦可造成胎儿畸形。总之，在胚胎发育第4-8周时，由于某一因素原因影响了第一、二腮弓的正常发育，从而引起唇裂发生；而在第8-12周时，即可能出现腭裂。
