肠道菌群失调的治疗需采取去除病因和给予微生态调节剂的综合措施。
具体要做到以下几个方面：
1、寻找并去除诱因：对于特异性病原如志贺菌引起的慢性菌痢，真菌引起的肠炎、艰难梭状芽孢杆菌引起的假膜性肠炎等，需要选择敏感的抗生素进行治疗；如果有难以去除的诱因如器官移植后使用免疫抑制剂，肿瘤病人行放疗等，应加强扶正治疗。
2、抗生素使用的管理：因使用抗生素尤其是广谱抗生素导致的菌群失调，要在严密观察下停用广谱抗生素或改用窄谱的敏感抗生素。
3、改善病人全身状况：全身情况的改善与肠道菌群的自身调整有着密切的关系，注意通过各种治疗改善病人的全身状况。
4、调整饮食：饮食应注意吃些新鲜易消化的食物，一次进食量不宜过多，保证足够的维生素。对腐败性腹泻，可采用高碳水化合物和低蛋白饮食，对发酵性腹泻应采用高蛋白、低碳水化合物饮食。
5、微生态调节剂的服用：使用微生态制剂的主要目的是提髙双歧杆菌、乳酸杆菌等有益菌的含量，恢复肠菌群的平衡。
预防肠道菌群失调的发生，应从机体内外两个方面加强管理。患有慢性消耗性疾病又确有感染的患者（如信中提到的蔡先生）在使用抗生素时，应严格掌握适应症，作药物敏感试验，有针对性地选择最敏感的窄谱抗生素治疗，并尽量肠道外给药，而且用量不宜过大，疗程不宜过长，应杜绝无理由地长期大量使用广谱抗生素。老人、婴幼儿及病后体弱者在使用抗生素或者激素的同时，可以配合使用微生态调节剂和适量补充维生素。
