一般肠镜检查较为痛苦，但其因人而异，多数患者可感觉不适，或轻微胀痛，但可耐受。瘦高或情绪紧张患者肠镜检查较为困难，或比较痛苦。若病人无法耐受，可考虑进行无痛肠镜检查，通过麻醉、催眠药物，使患者在睡眠状态下进行胃镜、肠镜检查。无痛胃镜、肠镜检查，患者处于睡眠状态，但检查效果与常规胃肠镜相同。高龄、心肺功能不佳者不建议做无痛胃肠镜检查。
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