肛裂长期发展下去，首先对肛门局部的损伤很大，皮肤全层裂开，会引起括约肌的痉挛、收缩，时间长以后，会出现括约肌功能劳累。肛门整个功能，即密闭、排便，排便肌肉协调、排便功能都会受到一定的影响。肛裂也容易感染，肛管处容易感染，容易引起肛窦炎、肛门皮下感染的脓肿，这是因为皮肤已经全层裂开，没有表皮保护肛管，所以容易引起感染。
此外还会给病人带来很大的痛苦，因为肛裂时比较疼痛，所以患者入厕排便是非常痛苦的事情。有的人形容肛裂的病人排便时是一种撕心裂肺的痛，确实是这样。主要的危害是对身体的危害，还有在患者心理方面也能造成很大伤害。
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