脊索瘤无法完全治愈，由于位置特殊，难以彻底切除，对放、化疗均不敏感，无特效药物。因此，各种治疗方法单独或者联合使用仅能控制疾病发展，无法彻底根除。对于早期并且瘤体较小的患者，完全切除，四年左右可能复发；对于晚期并且瘤体较大的患者，切除很不彻底，术后很快会复发。脊索瘤发生转移几率较高，治疗手段有限，因此目前无法治愈。
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