结石形成的原因非常复杂，通常包括外界的因素、个体的因素、泌尿系统的因素以及尿液的成石因素等四个原因。外界的因素通常是指自然环境以及社会环境，不同的气候、地理环境和经济水平以及饮食文化，均可以造成结石的形成。
个体的因素包括种族和遗传、饮食的不同、代谢性疾病以及使用一些药物，也可以造成结石的形成。泌尿系统的因素，包括泌尿系统本身的疾病，如泌尿系统畸形、泌尿系统损伤、泌尿系统感染、泌尿系统梗阻、泌尿系统的异物，这些都可以导致尿液中各种成分过饱和，抑制因素的降低，致瘤因素和促进因素增加，从而导致结石最终的形成。
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