普通CT平扫对部分较小病变检查不到，比如溃疡性结肠炎CT不能够诊断，只能进行内镜检查。
如果肠道出现肿物，可以进行CT肠道空腔脏器成像，肠道干净后进行CT三维重建，显示肠道三维结构，不但可以看到腔内，还可以看到腔外，看到肿瘤情况，可以显示肠道肿物，也就是发生形态学变化，肿物到一定大小，CT可以显示出来。但是，小肠特别长，5-6m长度，且互相重叠，所以较小病变很难发现。
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