新生儿做核磁共振没有什么影响，它属于相对安全的一种影像学检查方法。目前世界上还没有发现核磁共振对人体有伤害，目前核磁共振已经成功用于小儿多种疾病的诊断，比如小儿的先天性心血管畸形、小儿川崎病后冠状动脉损害、肺内的病变，还有纵隔占位性病变、消化系统疾病、腹膜后的占位性疾病，还有泌尿系统、盆腔以及骨骼肌肉系统的疾病，都可以用核磁共振来检查，而且它没有创伤，在儿科具有重要的意义，尤其是在小儿中枢神经系统方面核磁共振已经成为首选的影像学检查方法。
